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Neben dem praktischen Umgang mit der Musik ist der theoretische Aspekt für die Flötistin ebenso wichtig. Musik gibt es seit vielen Jahrhunderten, weswegen diese gut analysiert, erforscht und betrachtet werden kann. Daher promoviert Madlen Poguntke nun sowohl in Musikwissenschaft als auch Musikpädagogik.
So arbeitete sie bereits bei Musik-Editionen mit, verfasst eigene wissenschaftliche Werke und moderiert bei Konzerten; dazu zählt eine Konzerteinführung des Symphonieorchesters des Bayerischen Rundfunks zu Wagners Walküre.
Weiterhin ist sie für die nmz (neue musikzeitung) journalistisch tätig, schreibt Rezensionen und führt Interviews mit Persönlichkeiten der klassischen Musikszene.
